Université Clermont AuvergneLieu de travail
AUBIERE CEDEX – FranceIntitulé du sujet
Décomposition de la matière organique dissoute dans les écosystèmes de rivière : rôle des interactions microbiennes au sein du biofilm // Decomposition of dissolved organic matter in river ecosystems: role of microbial interactions within the biofilmChamps scientifiques
- Biologie
Mots clés
Champignons, Bactéries, Activités enzymatiques extracellulaires, Synergie, Antagonisme
Fungi, Bacteria, Extracellular enzymatic activity, Synergism, Antagonism
Description du sujet
La décomposition de la matière organique dissoute est un processus clé du cycle du carbone et des nutriments dans les écosystèmes aquatiques et repose en grande partie sur l’activité des microorganismes hétérotrophes présents dans le biofilm. Cependant, la plupart des études réalisées en rivière se sont concentrées sur le rôle individuel des bactéries et des champignons. Pourtant, leurs interactions au sein du biofilm pourraient jouer un rôle clé dans l’efficacité et la dynamique du processus. Les objectifs de cette thèse visent à étudier la diversité des interactions entre champignons-bactéries (biofilm épiphytique) et champignons-algues (biofilm épilithique) lors de la dégradation de molécules d’origine naturelle (substances humiques, exsudats algaux) et/ou de synthèse (pesticides, pharmaceutiques) présentes dans la rivière. Si des conditions favorables (ex : températures modérées, oxygène disponible) peuvent stimuler la respiration et la biodégradation microbiennes de ces molécules, cette thèse visera aussi à étudier les possibles évolutions de ces interactions dans un contexte de dérèglement climatique. Des approches en écologie microbienne, chimie analytique et biostatistiques seront mises en œuvre. Les données obtenues permettront d’améliorer la modélisation du cycle du carbone en rivière et de mieux prédire l’impact des changements environnementaux sur la décomposition de la matière organique dissoute.
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The decomposition of dissolved organic matter is a key process in the carbon and nutrient cycles in aquatic ecosystems and relies to a large extent on the activity of heterotrophic microorganisms present in the biofilm. However, most studies carried out in rivers have focused on the role of bacteria and fungi separately. Yet their interactions within the biofilm could play a key role in the efficiency and dynamics such a process. The objectives of this thesis are to study the diversity of interactions between fungi-bacteria (epiphytic biofilm) and fungi-algae (epilithic biofilm) during the degradation of molecules of natural origin (humic substances, algal exudates) and/or synthetic origin (pesticides, pharmaceuticals) present in the river water. While favourable conditions (e.g. moderate temperatures, oxygen availability) can stimulate microbial respiration and biodegradation of these molecules, this thesis will also aim to study whether climate change could modify these interactions. Microbial ecology, analytical chemistry and biostatistical approaches will be used in this thesis. The data obtained will be used to improve modelling on the carbon cycle in rivers and to better predict the impact of climate change in this process.
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Début de la thèse : 01/10/2025
Nature du financement
Contrat doctoral
Précisions sur le financement
Concours pour un contrat doctoral
Présentation établissement et labo d’accueil
Université Clermont Auvergne
Etablissement délivrant le doctorat
Université Clermont Auvergne
Ecole doctorale
65 Sciences de la Vie, Santé, Agronomie, Environnement
Profil du candidat
Compétences: -écologie microbienne aquatique -microbiologie -chimie analytique -biologie moléculaire et notions en bioinformatique -expérimentation en micro/mésocosmes -savoir rechercher et analyser de la bibliographie -maîtrise de l’anglais scientifique Bonnes capacités à communiquer à l’oral et à l’écrit Savoir être: Travail en équipe
Hard skills: -aquatic microbial ecology -microbiology -analytical chemistry -molecular biology and bioinformatics -setting up of micro/mesocosms experiments -bibliography research and analysis -proficiency in scientific english Good oral communication and writing skills Soft skills: Team workDate limite de candidature
31/05/2025
